Centrum pro teoretická studia (CTS) bylo založeno v roce 1990 a má následující cíle:

- provozovat špičkový teoretický výzkum v různých disciplínách exaktních, přírodních i humanitních věd;

- stimulovat transdisciplinární přístup k výzkumu spočívající v hledání nových forem interakce mezi zavedenými disciplínami;

- vytvářet pracovní prostředí pro mladé vědce (doktorandy a postdoky), jejichž výzkum není omezen úzkou odbornou specializací;

- poskytovat inspirativní prostředí pro hostující vědce z celého světa;

- vytvářet fórum pro setkávání a vzájemné interakce odborníků z různých disciplín;

- posilovat propojení mezi Akademií věd ČR a Univerzitou Karlovou